日本在中国办学校合法吗？
先引用教育部官网对"中外合作办学"的定义 然后引入两个案例，都是中国境内大学与国外高校的合作办学 一个是2010年批准的第一例中外合作办学项目一一西交利物浦大学（位于江苏省苏州市）；另一个是刚刚结束的10月31日在山东青岛举办的山东大学海洋科学基地班签约仪式，这标志着山东大学与英国斯莱特大学合作举办的世界一流大学建设计划项目正式获得教育部批准。
可见我国是支持国内高校与海外高校开展合作办学的，只是有严格的要求和程序。 至于题主所提的东大与早稻田大学合作办学，我查到了这一项目的介绍： 这是江苏省政府与日本国驻南京领事馆于2008年4月签署的教育合作协议框架下引进的项目。由江南大学与早稻田大学共同创办的江南-早稻田大学工业设计研究所率先落户无锡。2016年起，该研究所搬到东大建筑学院，与建院历史悠久、实力雄厚的东大建筑学院联合培养工业设计方向研究生。 该项目是经国家教育部同意的正式合作项目，有教育部的支持肯定是有正规流程手续的。不过不知道是否有在发改委备案。
关于备案的问题，我在知乎上看到了有人提及类似情况，说是在浙江大学与牛津大学签署协议后没多久就被发改委叫停了。如果消息属实的话，那么这种合作模式很可能涉及外国教育机构来华从事教育活动，需要报请国务院审批。但以现有的信息并不能确定东大与早稻田大学的合作就是非法的。